Par ailleurs, le PNMD a la plus forte diversité connue d’amphibiens en Afrique occidentale et centrale (Burger et. al. dans Alonso, et al. Coll., 2006). Ces enquêtes ont également inventorié 42 espèces de reptiles, dont au moins une espèce nouvelle, comparativement à 36 espèces répertoriées dans le PNL.
Le PNMD est le seul site protégé pour l’espèce de tortue endémique au Gabon Pelusios Marani (Maran et Pauwels, 2006) (Pauwels, et. al. Dans Alonso et al, 2006).
Par ailleurs, le PNMD revêt une importance majeure pour la conservation de la riche biodiversité du Gabon. En effet, ce dernier fait partie des cinq sites majeurs pour la protection des grands singes (Tutin, et. al. 2005) hébergeant des populations conséquentes de gorilles des plaines de l’Ouest et de chimpanzés communs. Des inventaires de grands singes ont été menés entre 2004 et 2005 révélant une densité de gorille de l’ordre de 1,13 individu/km² et une population totale estimée à 4 690 individus (Kuehl, non publié). Enfin, les recherches scientifiques menées à Doussala par l’Université de Kyoto font état de 6,99 gorilles/km² (Takenoshita, et al. 2008).
Le PNMD est aussi doté d’une grande diversité paysagère et d’écosystèmes. La chaîne de montagne des Monts Doudou (refuge forestier du Pléistocène), partie intégrante du massif du Mayombe, traverse en longueur le parc et constitue un centre de biodiversité et d’endémisme d’organismes végétaux. Les grandes plaines de la Nyanga, composées de savanes herbeuses et arbustives, sont localisées dans la partie Est du parc, formant une mosaïque avec les galeries et les forêts secondaires, offrant ainsi des étendues vallonnées remarquables.
La rivière Moukalaba forme la limite naturelle Est du parc, tandis que le fleuve Nyanga borde la limite Sud. A l’embouchure de ce fleuve existent de vastes marécages à papyrus et raphia accueillant des populations importantes d’éléphants. A l’Ouest enfin, le parc est bordé par la rivière Rembo Bongo et ses nombreux lacs.
